1. Lãnh đạo Trung tâm Y tế dự phòng tỉnh có Giám đốc và 2 Phó Giám đốc.

2. Các phòng chức năng gồm:

a) Phòng Kế hoạch tài chính;

b) Phòng Tổ chức hành chính.

3. Các khoa chuyên môn gồm:

a) Khoa Kiểm soát bệnh truyền nhiễm và vắc xin sinh phẩm;

b) Khoa Sức khoẻ cộng đồng;

c) Khoa Sức khoẻ nghề nghiệp

d) Khoa An toàn thực phẩm & Dinh dưỡng

đ) Khoa Kiểm dịch Y tế

e) Khoa Xét nghiệm.