1. Lãnh đạo Trung tâm Y tế dự phòng tỉnh có Giám đốc và 2 Phó Giám đốc.
2. Các phòng chức năng gồm:
a) Phòng Kế hoạch tài chính;
b) Phòng Tổ chức hành chính.
3. Các khoa chuyên môn gồm:
a) Khoa Kiểm soát bệnh truyền nhiễm và vắc xin sinh phẩm;
b) Khoa Sức khoẻ cộng đồng;
c) Khoa Sức khoẻ nghề nghiệp
d) Khoa An toàn thực phẩm & Dinh dưỡng
đ) Khoa Kiểm dịch Y tế
e) Khoa Xét nghiệm.